Bioinformatika

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).

Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.

Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.

Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).

Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein, pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam nukleat.

Pangkalan data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung dari peneliti individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens asam nukleat pada umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Selain asam nukleat, beberapa contoh pangkalan data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga pangkalan data tersebut telah digabungkan dalam UniProt, yang didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang pada umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein atau pun asam nukleat.

Sumber Terpercaya :
1. http://bioinformatika-q.blogspot.com/

Kinerja Komputasi dengan Parallel Processing

Apa Itu Komputasi Paralel ?
Komputasi paralel itu adalah proses melakukan perhitungan komputasi dengan menggunakan 2 atau lebih CPU/Processor dalam suatu komputer yang sama atau komputer yang berbeda dimana dalam hal ini setiap instruksi dibagi kedalam beberapa instruksi kemudian dikirim ke processor yang terlibat komputasi dan dilakukan secara bersamaan. Untuk proses pembagian proses komputasi tersebut dilakukan oleh suatu software yang betugas untuk mengatur komputasi dalam hal makalah ini akan digunakan Message Parsing Interface (MPI).

Sejarah Komputer

Intermezzo.....
Dewasa ini teknologi komputer banyak digunakan dikalangan masyarakat, mulai dari anak-anak sampai orang dewasa dapat dengan mudah menggunakan perangkat ini. Seiring perkembangan jaman dan berkembangnya teknologi, kita dapat menemukan perangkat ini tersebar dimana saja mulai dari rumah, sekolah, kantor, perusahaan, warnet, dan lain sebagainya. Berkembangnya teknologi komputer secara pesat menyebabkan setiap orang berusaha memilikinya agar tidak gagap teknologi atau biasa disebut "gaptek". Banyak orang menggunakan komputer, tapi hanya untuk memakai saja. Akan tetapi, apakah anda tahu mengenai sejarah komputer ? dari mana komputer tersebut ? komputer yang diciptakan pertama kali itu seperti apa ? bagaimana perkembangan komputer ? dan lain sebagainya. Berikut ini akan dibahas didalam blog ini.. Selamat membaca...

Tugas 4. Intisari Jurnal

Sebelumnya, saya meminta izin untuk membuat sebuah intisari jurnal untuk memenuhi tugas kuliah saya. Maka dari itu, tidak lupa saya lampirkan jurnal asli dalam postingan saya kali ini. ^_^ Terima kasih untuk anda yang telah membuat jurnal ini. Tidak ada maksud untuk plagiarisme. Saya hanya membuat intisari saja dari jurnal yang telah anda buat.

INTISARI JURNAL

“ PENGGUNAAN TEKNOLOGI INTERNET DALAM BISNIS “

DIBUAT OLEH

“ Oviliani Yenty  Yuliana “

Dosen Fakultas Ekonomi, Jurusan Akuntansi – Universitas Kristen Petra

ABSTRAK

    Internet digunakan sebagai tempat untuk pertukaran informasi, katalog produk, media promosi, surat elektronik, bulletin boards, kuesioner, elektronik, dan mailing list. Internet juga dapat digunakan untuk berdialog dan konsultasi dengan konsumen secara online, sehingga konsumen dapat dilibatkan secara produktif dan interaktif dalam perancangan, pengembangan, pemasaran, dan penjualan produk. Pemasaran dengan menggunakan internet memiliki 2 metode, yaitu push dan pull marketing. Aplikasi Electronic Commerce ada 2 yaitu Business-to-Consumer dan Business-to-Business.

Tugas 3. E-Bussiness Vs E-Commerce

“E-BUSINESS Vs E-COMMERCE”

            E-Business atau Electronic business dapat didefinisikan sebagai aktivitas yang berkaitan secara langsung maupun tidak langsung dengan proses pertukaran barang dan/atau jasa dengan memanfaatkan internet sebagai medium komunikasi dan transaksi,dan salah satu aplikasi teknologi internet yang merambah dunia bisnis internal, melingkupi sistem, pendidikan pelanggan, pengembangan produk, dan pengembangan usaha. Secara luas sebagai proses bisnis yang bergantung pada sebuah sistem terotomasi. Pada masa sekarang, hal ini dilakukan sebagian besar melalui teknologi berbasis web memanfaatkan jasa internet. Terminologi ini pertama kali dikemukakan oleh Lou Gerstner, CEO dari IBM.

            Marketspace adalah arena di internet, tempat bertemunya calon penjual dan calon pembeli secara bebas seperti layaknya di dunia nyata (marketplace). Mekanisme yang terjadi di marketspace pada hakekatnya merupakan adopsi dari konsep “pasar bebas” dan “pasar terbuka”, dalam arti kata siapa saja terbuka untuk masuk ke arena tersebut dan bebas melakukan berbagai inisiatif bisnis yang mengarah pada transaksi pertukaran barang atau jasa.

       Seluruh perusahaan, tanpa perduli ukuran dan jenisnya, dapat menerapkan konsep e-Business, karena dalam proses penciptaan produk maupun jasanya, setiap perusahaan pasti membutuhkan sumber daya informasi.

Tugas 2. BISNIS BODY MIST, BODY LOTION, BODY SCRUB, dan BODY BUTTER

 ***BALI RATIH***

(RESELLER)

Bali Ratih merupakan produk Home Spa Treatment yang meliputi parfum, lulur mandi, lotion, dan lainnya. Produk ini merupakan produk yang unik karena kealamiannya yang memberikan kesegaran aroma therapy  pada tubuh. Disini, saya akan mencoba menawarkan beberapa produk Bali Ratih untuk anda.

Coba-soba buat social network dengan HTML5, CSS3, PHP, MYSQL

Ini hasilnya :

TES Akhir

1. Service yang cara kerjanya mirip dengan mengirim surat adalah :
    a. Connection Oriented                         c. Semua jawaban benar
    b. Connectionless Oriented                   d. Semua jawaban salah

2. Nama lain untuk Statistical Time Division Multiplexing (TDM) adalah :
    a. Non-Intelligent TDM                        c. Asynchromous TDM
    b. Synchronous TDM                           d. Semua jawaban benar

3. Hubungan laju transmisi data dengan lebar pita saluran transmisi adalah :
    a. Laju transmisi naik jika lebar pita berkuran.
    b. Laju transmisi naik jika lebar pita bertambah.
    c. Laju transmisi tidak bergantung pada lebar pita.
    d. Semua jawaban salah.

4. Teknik encoding Bipolar-AMI dan Pseudoternary termasuk dalam teknik :
    a. Multilevel Binary                   c. Biphase
    b. NRZ                                       d. Manchester

5. Jika dua frame ditransmisikan secara serentak maka akan menyebabkan terjadinya tubrukkan.   

    Kejadian ini dalam jaringan dikenal dengan istilah :
    a. Contention        c. Crash
    b. Collision           d. Jabber

Jawaban QUIZ SONET

Soal.

1.Apakah yang dimaksud dengan komunikasi broadband ?

Komunikasi Broadband merupakan komunikasi data yang memiliki kecepatan tinggi dan juga memiliki bandwidth yang besar. Ada beberapa definisi untuk komunikasi broadband, antara lain : menurut rekomendasi ITU No. I.113, “Komunikasi broadband didefinisikan sebagai komunikasi dengan kecepatan transmisi 1,5 Mbps hingga 2,0 Mbps.”. sedangkan menurut FCC di amerika, “ komunikasi broadband dicirikan dengan suatu komunikasi yang memiliki kecepatan simetri (up-stream dan down-stream) minimal 200 kbps. Maka dari itu komunikasi brodband sering disebut juga dengan komunikasi masa depan. Broadband itu sendiri menggunakan beberapa teknologi yang dibedakan sebagai berikut :

• Digital Subscriber Line (DSL).
• Modem Kabel.
• Broadband Wireless Access (WiFi dan WiMAX).
• Satelit.
• Selular.

Tes akhir -- VLSM (Variable Length Subnet Mask)